Son parecidos a los lisosomas, pero los peroxisomas contienen enzimas oxidasas (destacan peroxidasa y catalasa) implicadas en distintas rutas metabólicas.

(i) Llevan a cabo reacciones de oxidación gracias a las peroxidasas. Se genera peróxido de H, H₂O₂ (muy tóxico), que se elimina gracias a la catalasa: H₂O₂ → H₂O + O₂. Con estas reacciones se pueden oxidar o degradar ácidos grasos y aa, con desprendimiento de E en forma de calor, y detoxificar moléculas tóxicas (ver fig.).

(ii) En las células de las semillas en germinación, a los peroxisomas se les llama glioxisomas, y son los responsables del ciclo del ácido glioxílico o del glioxilato (variante del ciclo de Krebs), donde los ácidos grasos pasan a glúcidos (glucosa), lo que aporta E necesaria para la germinación.