Dos aminoácidos pueden unirse covalentemente mediante un enlace amida, denominado enlace peptídico:
Este enlace se forma al reaccionar el grupo carboxilo alfa de un aminoácido con el grupo amino alfa del otro aminoácido, perdiéndose una molécula de agua. Por ejemplo, pueden unirse tres aminoácidos para formar un tripéptido:
Los carbonos alfa de cada aminoácido se van alternando con los enlaces peptídicos para formar el "esqueleto" del polipéptido.
Tripéptido Lys-Ala-Ile (la secuencia siempre se da comenzando por el aminoácido cuyo grupo amino queda libre, llamado el N-terminal; en este caso, Lys).
Colorear como en la fórmula de arriba.
Colorear esqueleto y cadenas laterales